Las islas Salvajes, más próximas de las islas Canarias que de Madeira, y la isla de Porto Santo tienen un clima semiárido, de tipo estepario, con una vegetación herbácea constituida por flora xerófila árida, como euforbiáceas.
En la isla de Madeira se encuentran restos del primitivo bosque húmedo, y muy denso, común a toda la Macaronesia. Los bosques de Laurisilva de Madeira cubrían casi totalmente la isla, antes de que los colonizadores los incendiasen, para seguidamente establecer granjas y cultivos. Dichos bosques relictos son Patrimonio de la Humanidad por la Unesco desde 1999.
En sus costas habitan, entre otras muchas especies, meros (Epinephelus marginatus), sargos (Diplodus sargus), Bodião (Sparisoma cretense), pargos (Pagrus pagru), Garoupa (Serranus atricauda), varias especies de atunes, Charuteiro (Seriola spp.), chicharros (Trachurus picturatus), espadim azul (Makaira nigricans), cavacos (Scyllarides latus) y las lapas (Patella piperata) muy apreciadas en la gastronomía madeirense. En las aguas más profundas del archipiélago se pueden observar ballenas, delfines, cachalotes (Physeter macrocephalus), tortuga boba (Caretta caretta) y foca monje (Monachus monachus).
