Funchal ofrece otros atractivos, como su red de museos. Son relevantes el Museo de Arte Sacro (con pintura flamenca, escultura religiosa y orfebrería, incluyendo el tesoro de la catedral de Funchal), y el Museo Quinta das Cruzes (con piezas arqueológicas, muebles portugueses e ingleses de los siglos XVI al XIX, piezas de porcelana, azulejos, pinturas, grabados y litografías). Su jardín arqueológico muestra losas sepulcrales, ventanas manuelinas (de piedra basáltica), y varios escudos de armas.
Destaca también el Museo de Fotografía llamado Photographia-Museu Vicentes, situado en un antiguo estudio fotográfico del siglo XIX, que contiene cámaras originales, muebles, y todos los accesorios para retratar y revelar.
Su archivo es excepcional, pues conserva más de medio millón de negativos, en placas de vidrio y en otros soportes, de los fotógrafos históricos más importantes establecidos en Funchal, como los «Vicentes» (desde 1863) y los «Perestrellos» (desde 1888). Además, conserva algunas de las primeras películas cinematográficas.
