El problema principal del entrenamiento en superserie es que no se puede realizar de forma continua, ya que el músculo queda sometido a un mayor estrés y fatiga que en un entrenamiento normal. Por eso se deben hacer con cuidado y de forma controlada y programada, evitando un sobreentrenamiento de la zona trabajada que pueda conllevar al agotamiento muscular o a quemar el músculo sin necesidad.
Por otro lado, las superseries son una forma de realizar el entrenamiento en menos tiempo. Las superseries son populares es porque acortan el tiempo, ya que, al no haber descanso entre serie y serie se gana el tiempo correspondiente a dicho descanso.