Los sicilianos, descontentos con esta perspectiva, eligieron rey a Federico, hijo menor del rey Pedro y que era lugarteniente general del reino. En agosto de 1302 se firmó el Tratado de Caltabellotta, por el que Federico fue reconocido como rey de Trinacria (en esa época el nombre de Sicilia no se utilizaba).
Así la isla quedaba en poder de una rama secundaria de la familia real aragonesa. Federico III, rey de Sicilia, casó a su hija María con Martín el Joven, hijo del aragonés Martín I. Como consecuencia de ello, a la muerte sin sucesión legítima de Martín el Joven Martín el Humano se coronó rey de Sicilia en el año 1409, reuniéndose de nuevo Sicilia y la Corona de Aragón. A ello se añadió, en 1442, la conquista de Nápoles por parte del rey Alfonso V el Magnánimo.
No obstante, al morir Alfonso V (1458) Nápoles se independizó y Sicilia siguió unida a Aragón. Fernando II el Católico recuperó Nápoles en 1504, pero mantuvo dos virreinatos diferentes, uno para Sicilia y otro para Nápoles. La situación de Sicilia como un virreinato más del Imperio español continuó hasta el año 1713. Con ocasión de la guerra de Sucesión española, se entregó la isla al duque de Saboya, Víctor Amadeo II, a título de rey. No obstante, en el año 1720 cambió Sicilia por Cerdeña, y la isla quedó en manos del emperador austriaco, Carlos VI.
