En esta ocasión tomamos el control de “Snake” Big Boss, personaje recurrente en anteriores capítulos, en una misión de rescate que tiene lugar un año después de los hechos acaecidos en Metal Gear Solid: Peace Walker, juego lanzado para PSP en 2010.
Nuestro objetivo será infiltrarnos en la base americana llamada Campamento Omega, situada en la isla de Cuba y que recuerda poderosamente a Guantánamo, para rescatar a Paz y Chico, protagonistas de Peace Walker, antes de que consigan extraerles información confidencial y acaben con ellos.
Una cosa que hay que tener muy en cuenta es que Ground Zeroes no es un juego completo, sino que forma parte de lo que será Metal Gear Solid V: The Phantom Pain (aún en desarrollo), ejerciendo de prólogo del mismo. Aquellos que estén familiarizados con la serie recordarán la demo que Hideo Kojima, su creador, lanzó antes de la aparición de Metal Gear Solid II: Sons of Liberty y que constaba de la primera misión del futuro juego.
