Criado en el seno de una modesta familia del barrio de Cuatro Vientos (Madrid) el hijo de Antonio, mecánico del Ejército, y Enriqueta, empleada de Correos comenzó a a patinar en la pista de hielo de Majadahonda, donde iba con su hermana mayor Laura.
Apodado ‘El Lagartija’ por su carácter inquieto, el patinador tenía poca predisposición para los entrenamientos. A los 14 años, durante una etapa que pasó en Jaca, estuvo a punto de dejar el patinaje para pasarse al hockey pero su entrenador Mikel García lo evitó.
García viendo la posibilidad de perder a aquél adolescente lleno de talento y gran saltador, le organizó un encuentro en Madrid con una de las grandes figuras del patinaje, el entrenador y coreógrafo Nikolai Morozov, el ruso que llevó a Shizuka Arakawa a conseguir el oro en las Olimpiadas de Torino 2006.
Morozov no se lo puso fácil: podía entrenar con él de forma gratuita pero era Javier Fernández quien afrontaría los elevados gastos de su estancia en Estados Unidos.“Cuando decidí irme de España a lo loco fue el primer paso”, suele decir el deportista que en aquél entonces ya había participado en un campeonato Mundial y un Europeo.