Normalmente aparecen al día siguiente de realizar el ejercicio y tiene su pico de intensidad alrededor de 48 horas después (Balnave 1993; Bobbert 1986; Wessel 1994). Sin embargo, no se conoce el proceso exacto que produce la aparición de las agujetas. La teoría que se maneja actualmente es la ruptura parcial de sarcómeros, lo cual provoca la hinchazón de las fibras musculares y comienza una respuesta antiinflamatoria que puede excitar los nociceptores (receptores del dolor; Lieber 2002), sin embargo, esta inflamación parece no ser suficiente para causar dolor ya que se precisa que el músculo se estire o se contraiga para sentir los dolores típicos de las agujetas (pinchazos). Para los más curiosos o los más estudiosos, Weerekkody 2001 indica que la excitación de los aferentes musculares de mayor diámetro, sobretodo el huso neuromuscular (receptor sensorial situado en el vientre del músculo que detecta cambios en el alargamiento muscular), está involucrada en la sensación de dolor.