De acuerdo con la cantidad limitada de evidencia disponible, el extracto de café verde parece ser bastante seguro. Sin embargo, algunos participantes abandonaron un estudio debido a dolores de cabeza e infecciones urinarias.
No obstante. este estudio fue demasiado pequeño para demostrar si los efectos colaterales fueron provocados por el suplemento, podría haber sido sólo una coincidencia.
El café verde contiene cafeína, que puede tener varios efectos colaterales si se la consume en grandes cantidades. Esto incluye ansiedad, temblores y taquicardia.
Si se es sensible a la cafeína, hay que ser cuidadoso con el extracto de café verde. El ácido clorogénico puede tener un efecto laxante y causar diarrea.
Algunas personas han tenido reacciones alérgicas a los granos de café verde. Y el extracto debería evitarse si ya se ha tenido alergia al café
La seguridad del café verde para embarazadas o mujeres que están dando de mamar no ha sido probada aún, y no debería ser consumido por niños.